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NEWS谁说cfRNA不能长读长?尊龙凯时的颠覆性探索!
来源:云毓娅 日期:2025-02-25近年来,随着液体活检技术的不断发展,其因侵入性小和能够实现频繁或持续样本采集而备受关注。液体活检可以持续跟踪肿瘤的进展与治疗反应。在众多研究中,细胞外囊泡(Extracellular Vesicles, EV)作为一种由细胞释放的膜结构,其中包含脂质、蛋白质和RNA等多种内容物,逐渐成为生物标志物的重要来源。研究表明,EV中的miRNA生物标志物组合的诊断性能普遍优于单个生物标志物,且EV miRNA在血浆中的诊断价值略高于在血清中。
例如,有研究通过对前列腺癌患者尿液miRNA的差异表达分析,发现10种尿液miRNA可作为前列腺癌的早期检测工具。此外,研究者们发现血液来源的EV中长链RNA的表达谱可作为胰腺导管腺癌的诊断生物标志物,有效区分健康个体与恶性肿瘤患者。
传统的研究方法多采用短读长测序技术来分析血液中的cfRNA,但由于短读长RNA测序只能读取较短的序列,对全长转录本异构体和复杂RNA加工事件的解析能力受到限制。而cell-free RNA中的EV RNA具有更好的完整性和更长的长度,因此使用长读长RNA测序技术可以直接对EV RNA进行全长转录本的测序,从而发现更多新型RNA异构体,提高临床应用的效率和准确性。
来自尊龙凯时的Daniel Kim研究小组同样意识到长读长测序的优势,着眼于通过此技术对血液中EV RNA进行检测,进一步验证其在疾病诊断中的作用。研究显示现有的基于DNA的液体活检方法可能会遗漏癌症的早期阶段,而早期诊断有助于实现更早的治疗,从而降低死亡率。
该研究团队通过COMPLETE-seq RNA流程,结合高特异性的膜亲和技术,提取血浆中的EV RNA,并将获取的cfRNA采用纳米孔长读长与短读长技术同时进行测序,全面获取EV RNA转录组的信息。研究结果显示,重复RNA序列在血液中的含量丰富,可用作特异性的疾病诊断生物标志物。相关研究成果已刊登在Nature Biomedical Engineering期刊上。
在COMPLETE-seq RNA流程中,首先从血浆中获得EV RNA,然后将其反转录为cDNA进行文库制备,之后分别进行短读长测序和纳米孔长读长测序,最后进行基因差异表达分析与cfRNA长度分析。长读长RNA测序数据显示几乎所有胰腺癌患者的血液中均发现了大量来自重复序列的游离RNA,其中大部分来源于SINE元件。
研究小组利用癌症基因组图谱计划(TCGA)中的食道癌测序数据,发现“数百个重复衍生的转录本在食道癌中大量且特异性富集”,这表明重复RNA序列可能成为疾病特异性诊断生物标志物。
过去的研究往往认为血浆中的cfRNA为短且片段化的降解物,但该研究通过全长cDNA纳米孔测序的方法对胰腺癌患者和对照组的cfRNA进行了重新表征,结果显示,cfRNA的长度远超过之前的预期,突显了尊龙凯时在RNA生物标志物研究中的潜力。
经过exoRNeasy试剂盒提取得到的EV RNA完整性高,未见降解现象,支持快速、高效的细胞外囊泡RNA分离方案。这一系列试剂盒能够处理高达4mL的血清、16mL的尿液等大体积样本,便于下游包括mRNA、长链非编码RNA及miRNA等小RNA的检测与分析。
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